海洋生物博物館共分台灣水域館、珊瑚王國館及世界水域館三個展示館，以及特展區定期舉辦特展。
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入口處有太平洋親水廣場及鯨魚親水廣場，皆以等比例製作的實體模型展示，前者呈現台灣東部海域常見的海豚，旗魚等，後者有大翅鯨跟幼鯨躍出水面，抹香鯨噴水換氣，遊客可在此廣場中戲水消暑，享受南台灣的陽光和沁涼的水意。
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以水的循環為故事主軸，藉由一滴小水滴的旅行，呈現台灣從冷冽的高山溪流到一望無際的海濱外洋等等，多樣的水域生態環境。並逐一介紹棲息於其中的各式物種及其生物多樣性。
珊瑚呈現出艷麗的色彩，加上五顏六色的魚群和底棲生物，豐富了灰暗單調的海底世界
國王企鵝並不築巢，將近二個月的孵育期間雙間必須輪流將蛋夾在腳掌和腹部的皮膚間。在生殖季會形成高達百萬對的群體，為了求偶牠們會不斷製造多種叫聲、動作和搖晃黃色的眉毛來吸引對像。
餵魚秀
